Le Conseil Fédéral a dévoilé, en date du 31 octobre 2018, son projet de message aux Chambres, au sujet du projet d'étape d'aménagement 2035 dans le cadre des programmes d'aménagement de l'infrastructure ferroviaire. Le seul élément vraiment nouveau dans ce projet est qu'il inclut l'aménagement du second tiers du tunnel de base du Loetschberg.
Pour le bassin lémanique, 880 millions de CHF sont prévus pour l'amélioration des prestations sur l'axe La Plaine - Genève - Lausanne - Bienne, les détails d'aménagement demeurant dans un 'flou absolu' comme le note Daniel Mange sur le site de la citrap-vaud.

En octobre 2018, la Cour des comptes de Genève a publié un rapport d'audit concernant la gouvernance et la gestion des lignes transfrontalières de tramways.
Ce rapport souligne le retard pris par les divers projets d'extensions du réseau tram genevois, et constate des faiblesses dans la coordination et la mise en oeuvre. Il demnde des améliorations dans le pilotage, et souligne la nécessité pour le Canton d'intensifier ses efforts de développement, s'il veut respecter les engagements pris envers la Confédération et bénéficier du co-financement fédéral.
La Cour des comptes rejoint les constats et les inquiétudes maintes fois exprimés toutes ces dernières années par la CITraP Genève

Le rapport de synthèse et le rapport détaillé peuvent être consultés sur le site de la Cour des comptes (lien).